Antes de tudo voce deve ter o Flash Palyer Debbuger (para instalar em Ubuntu fica a dica). Com o flash player para debug, nao se esqueca de compilar com a flag -debug do mxmlc.
Entao, entre na pasta bin do seu Flex SDK (no meu caso ~/.flex/bin). E execute o fdb (./fdb). De o comendo "run" e o fdb (debbuger do Flex) vai ficar esperando o player se conectar. Abra o swf, que voce compilou com -debug, num browser e ele automaticamente vai se conectar ao fdb.
Com o player conectado ao fdb de o comando "continue" e o player vai executar seu programa.
Fontes e mais informacoes (tipo, como setar um breakpoint) em:
http://greencollective.nl/blog/?p=18
http://www.docsultant.com/site2/articles/flex_cmd.html#mxmlc_3_opt
valeu, Manzo!!
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